Die Garnison
Zunächst war die Sicherheit der Festung ihren Bürgern anvertraut, sie waren in einer sogenannten Stadtfahne unter dem Befehl eines Hauptmanns organisiert. Um 1570 kamen erstmals Söldner des Herzogs nach Ingolstadt und formierten die sogenannte Quardie. Anfänglich waren es rund 50 Quardieknechte, im Jahr 1598 bereits 170 Mann. Sollte es in Bayern bis zur endgültigen Einführung noch 84 Jahre dauern, so war dies doch ein erster kleiner Schritt in Richtung des stehenden Heeres.
Die Stadtfahne erreichte im Jahre 1600 die Stärke von 920 Mann, wozu auch Kontingente aus Gerolfing, Gaimersheim, Kösching und anderen Orten im näheren Umland zählten. Dem Stadthauptmann oblag die Organisation der jährlichen Übungen, auch fanden Musterungen durch Beauftragte des Herzogs statt.
Während des 30-jährigen Krieges war die Stärke der Besatzung recht unterschiedlich. Im Krisenjahr 1632 waren es über 2600, im Jahre 1646 rund 1500 und gegen Kriegsende nur zwischen 200 und 400 Mann. An den letzten Zahlen kann man erkennen, wie nach drei Jahrzehnten Krieg nunmehr die Soldaten knapp zu werden begannen.1632 befanden sich 50 schwere und 86 leichte Geschütze sowie knapp 900 Zentner Pulver in der Festung.
Ursprünglich waren die Soldaten bei den Bürgern der Stadt einquartiert, was häufig zu Streitereien führte und die Disziplin der Truppe nicht unbedingt förderte. Beschwerden der Bürgerschaft über die Einquartierung waren an der Tagesordnung, und so wurde 1681 außerhalb der Stadtmauerzwischen Donautor und Tränktor eine erste kleine Kaserne für rund 150 Soldaten errichtet. 1717 folgte die Kreuzkaserne, mit einem etwas irreführenden Namen. Das Bauwerk befand sich nämlich nicht - wie man vermuten möchte beim Kreuztor- , sondern östlich vom Frauen-Kavalier. Sicher wäre aber der Name "Frauen-Kaserne" noch irreführender gewesen und hätte die dort untergebrachten Soldaten zu Zielscheiben von bösem Spott gemacht!
1718 wurde die Münzberg-Kaserne hinter der Stadtmauer bei der Münzberg-Bastion errichtet und 1731 die heute noch bestehende Donaukaserne. Gleiche Funktion erhielt seit 1780/81 das ehemalige Jesuiten-Kollegium aus dem Besitz des aufgelösten Ordens.
1701 lagen neben der Quardie über 350 Mann in Ingolstadt. Bayern hatte seit 1682 ein stehendes Heer und da war es nur konsequent, daß nach 1716 die Quardie aufgelöst und durch reguläre Truppen ersetzt wurde. In Friedenszeiten befanden sich im 18. Jahrhundert maximal zwei Infanterie-Regimenter in der Festung, deren Stärke aber zusammen kaum mehr als 1500 Mann betrug.
Die bayerischen Finanzen waren im 18. Jahrhundert völlig zerrüttet, insbesondere nach dem österreichischen Erbfolgekrieg. Es herrschte Mangel an Uniformen, der Staat blieb den Soldaten den Sold schuldig. Am 1. April 1746 überfiel die Garnison die Verkäufer auf dem Ingolstädter Wochenmarkt und nahm ihnen alles weg, was als ,,Hungerrevolte" bezeichnet wurde.
1668 befanden sich 51 schwerere Geschütze in Ingolstadt, im Jahr 1743 hatte man die Verluste des Spanischen Erbfolgekrieges wieder ersetzt und verfügte über 62 Stück. Den Niedergang des bayerischen Heerwesens durch die katastrophale Finanzsituation im 18. Jahrhundert kann man auch an der Geschützausstattung der Festung Ingolstadt dokumentieren, denn im Jahre 1778 waren gerade noch 13 schwerere Geschütze vorhanden.